SMA Negeri 50 Jakarta berdiri sebagai hasil pengembangan dari SMA Negeri 12 Jakarta yang telah menunjukkan prestasi gemilang sejak didirikan pada tahun 1964 di Kampung Peralihan Klender. Perkembangan ini mendorong perubahan nama dari “Peralihan” menjadi SMA Negeri 12, yang kemudian memiliki dua filial, yakni SMA 12 Filial di SMA Negeri 59 dan SMA 12 Filial di PLN Cimpang Muara, Jl. Cililitan. Berdasarkan Surat Keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan (Depdikbud) DKI Jakarta Nomor 7 K/101.1.B/1978, SMA 12 Filial di PLN Cimpang Muara disetujui menjadi cikal bakal SMA Negeri 50 Jakarta.

Pada awal berdirinya, SMA Negeri 50 Jakarta dipimpin oleh kepala sekolah yang berasal dari SMA 12 Filial. Kepemimpinan awal dijabat oleh Drs. Madjid Hasan pada tahun ajaran 1978/1979, diikuti oleh Bapak Drs. Sutarno, dan kemudian dilanjutkan oleh Drs. Zulkifli. Pada tahun 1979/1980, posisi tersebut diserahkan kepada Drs. Muchtar Tahir. Pada masa tersebut, SMA Negeri 50 membuka lima kelas dari total 11 ruang yang tersedia, dengan pembagian waktu belajar pagi dan siang hari.

Secara resmi, SMA Negeri 50 Jakarta berdiri sebagai sekolah mandiri pada tahun ajaran 1980/1981, sebagaimana ditetapkan dalam Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 0220/0/1981. Dengan kemandirian tersebut, SMA 12 Filial dinyatakan telah memenuhi kriteria untuk bertransformasi menjadi SMA Negeri 50 Jakarta. Hal ini menjadi langkah awal yang penting bagi sekolah dalam membangun identitasnya sendiri dan meningkatkan perannya sebagai lembaga pendidikan yang mandiri.

Kemandirian SMA Negeri 50 Jakarta menuntut guru dan karyawan untuk terus mengembangkan diri dan bekerja keras demi peningkatan mutu pendidikan. Usaha ini bertujuan untuk menjadikan sekolah sebagai institusi yang unggul sesuai dengan standar yang telah ditetapkan. Dengan dedikasi yang tinggi, SMA Negeri 50 Jakarta bercita-cita mencetak generasi penerus bangsa yang berkualitas, mampu bersaing, dan berkontribusi dalam kemajuan masyarakat serta bangsa Indonesia.