Di atas lahan seluas 6.334 m², yang dulunya merupakan area rawa-rawa penuh rumput berduri di sekitar Kali Sunter yang sering dilanda banjir, berdirilah sebuah sekolah negeri baru. SMA Negeri 50 Jakarta didirikan dengan fasilitas awal berupa 6 ruang kelas utama, 7 ruang pendukung, aula, laboratorium, mushola, kantin, serta 5 ruang kelas tambahan dengan ukuran masing-masing 7 x 7 meter. Pada masa itu, sekolah ini menghadapi berbagai tantangan, termasuk kerusakan bangunan akibat banjir. Struktur bangunan sering kali retak sehingga harus direnovasi secara menyeluruh. Meskipun begitu, setelah direnovasi, bangunan tampak lebih megah, meskipun beberapa retakan tetap ada akibat kondisi tanah dan air yang kurang stabil.

Kondisi alam di sekitar sekolah saat itu masih berupa rawa-rawa yang dipenuhi alang-alang dan rumput liar. Ketika musim hujan tiba, air dari Kali Sunter menciptakan suasana alam yang damai, meski diiringi tantangan besar berupa banjir. Tidak sedikit yang meragukan kelayakan tempat ini sebagai lokasi belajar, namun semangat para siswa dan guru mengatasi segala kekhawatiran tersebut. Mereka yang memiliki visi ke depan tetap memilih untuk belajar di tempat yang sederhana, namun penuh ketenangan dan semangat.

Seiring berjalannya waktu, SMA Negeri 50 Jakarta terus berkembang menjadi institusi pendidikan yang lebih baik. Namun, pada 2 Februari 2002, sekolah ini menghadapi bencana besar ketika banjir dari Kali Sunter merendam gedung hingga ke atap. Peristiwa ini menyebabkan kerusakan parah, termasuk hilangnya berbagai fasilitas pendidikan. Selama 144 hari, kegiatan belajar mengajar terhenti. Perhatian pemerintah melalui Kadis Dikmenti Jakarta, Bapak Drs. H. Slamet Riyadi D.I., segera hadir dengan bantuan alat-alat sekolah. Pada 5 Juli 2002, sekolah ini mulai dipulihkan melalui kerja sama berbagai pihak, termasuk staf pelaksana, guru, siswa, serta wali murid yang turut berpartisipasi dalam usaha pemulihan.

Melalui kerja keras semua pihak, SMA Negeri 50 Jakarta berhasil bangkit kembali. Berkat dukungan pemerintah, pihak swasta, dan dedikasi para guru serta staf, fasilitas sekolah terus ditingkatkan menuju standar yang lebih modern. Dengan semangat kebersamaan dan tanggung jawab masing-masing, seluruh warga sekolah berkomitmen untuk terus melaksanakan tugas pokok dan fungsi mereka demi mendukung kemajuan pendidikan di SMA Negeri 50 Jakarta.